MFES ściśle współpracuje z Wydziałem Gospodarki i Administracji Publicznej Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie oraz Małopolską Szkołą Administracji Publicznej Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie. Jednym z owoców tej współpracy jest organizowane cyklicznie Sympozjum Naukowe z cyklu Współczesna Gospodarka i Administracja.

Fundusz współpracuje także z szerokim środowiskiem akademickim Małopolski, w szczególności z komórkami odpowiedzialnymi za rozwój zawodowy ich absolwentów. Do grona naszych Partnerów należą także: Regionalny Ośrodek Polityki Społecznej w Krakowie oraz Grodzki i Powiatowy Urząd Pracy z terenu całego województwa.

MFES aktywnie kooperuje z samorządami terytorialnymi, zwłaszcza na szczeblu gminnym, zainteresowanymi wspieraniem działalności gospodarczej absolwentów pochodzących z ich terenu oraz lokalnych organizacji pozarządowych.