Wspieranie organizacji pozarządowych oraz przedsiębiorstw społecznych i udzielanie im pożyczek oraz poręczeń jest zasadniczym obszarem działalności Małopolskiego Funduszu Ekonomii Społecznej. MFES oferuje kompleksowe podejście do wsparcia NGO. Dotychczas udzielone poręczenia i pożyczki na terenie woj. małopolskiego, pozwoliły wypracować sprawny mechanizm ich oceny i obsługi. W modelu docelowym MFES będzie wspierać NGO i oferować pomoc przedsiębiorstwom społecznym na każdym etapie ich rozwoju.