Idea powstania Funduszu zrodziła się z doświadczeń zdobytych przez Małopolską Szkołę Administracji Publicznej Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie podczas prac przy projekcie „W poszukiwaniu polskiego modelu ekonomii społecznej”. Zdiagnozowane zostały problemy jakie napotykają podmioty stawiające sobie cele społeczne, np. organizacje pozarządowe czy spółdzielnie socjalne. Wśród największych trudności znalazły się problemy w zdobywaniu niezbędnego kapitału. Badania pokazały, iż ponad 80% podmiotów nie kwalifikuje się do dostępu do komercyjnych instrumentów finansowych, takich jak kredyty, pożyczek czy leasing, często niezbędnych do rozwoju i realizacji ich celów społecznych.

Środowisko Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie, a zwłaszcza Katedra Gospodarki i Administracji Publicznej, kierowana przez prof. Jerzego Hausnera, mocno zaangażowana we wspieranie rozwoju gospodarki społecznej i przedsiębiorczości, podjęła wysiłki na rzecz stworzenia instytucji oferującej finansowe instrumenty wsparcia. Tak narodził się Małopolski Funduszu Ekonomii Społecznej. Już w trakcie prowadzonych prac koncepcyjnych, idea jego powołania została włączona do Małopolskiego Paktu na Rzecz Ekonomii Społecznej.

Prace nad Funduszem koordynowane były przez przedstawicieli Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie, a jednym z fundatorów została Fundacja Gospodarki i Administracji Publicznej, reprezentująca środowisko Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie. Sukces przedsięwzięcia wynika niewątpliwie z faktu, iż do udziału udało się nakłonić szereg znaczących instytucji.

Małopolski Fundusz Ekonomii Społecznej działa jako Fundacja, zarejestrowana w maju 2009 roku. Fundatorzy wyposażyli go w kapitał przekraczający pół miliona złotych.

Małopolski Fundusz Ekonomii Społecznej jest instytucją finansową w rozumieniu art. 4 ust 1. pkt 1) Ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Prawo bankowe (Dz. U. z 2015 r. poz. 128).